新着情報バックナンバー: 2012年


■ 2012 年 1 月 2 日(月) 非会員ではありますが…

固体イオニクス学会主催の第 60 回固体イオニクス研究会「電池材料の解析技術と固体イオニクス」(5 月 31 日)を講演と講習のお知らせに掲示しました。

■ 2012 年 1 月 5 日(木) 7 ヶ月も先の話で恐縮ですが、

2011 年 3 月 28 日に開催するはずだった情報機構セミナー「RIETAN-FP によるリートベルト解析」入門は東日本大震災と福島第一原発のメルトダウン事故のあおりを受け、中止を余儀なくされました(2011 年 3 月 18 日の掲示板参照)。やむを得ぬ措置だったとはいえ、参加登録者と情報機構に多大な迷惑をかけたことを改めてお詫び申し上げます

いずれ必ずその埋め合わせをしようと心に決めていましたが、今年度は急いで処理しなければならぬ案件をいくつも抱えていたため、その機会に恵まれませんでした。このほど、助っ人一名を確保して一日コース(10:30〜16:30)に時間を拡大するというプランを情報機構に提案し、東京都中小企業振興公社・秋葉原庁舎の第一会議室をいち早く予約していただきました。開催日は 2012 年 7 月 2 日(月)です。プログラムなどの詳細が決まり次第、ここでお知らせいたします。

■ 2012 年 1 月 6 日(金) ん、データベース? まあいいか

NIMS の先端的共通技術部門の Web ページ、各種データベースに RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルへのリンクが張られました。最下部の「お問い合わせ先」の直前です。

私のような立場にいると所属部門に実績を高く評価してもらってナンボですので、拙作が公式に認知されたのはめでたい限りです。

■ 2012 年 1 月 7 日(土) 賞味期限切れ毒舌記事の再利用

二つの投稿しかないブログ選集が寂しすぎるので、最終日の掲示板(Forty Years in Japan, Once More)をブログにコピー&ペーストし、ブログ選集でリンクを張りました。今となっては書き改めたい箇所が多少ありますが、あえて原文のままに留めました。このシニカルかつ激烈な文章には、ざっと 10 日分に相当するボリュームとインパクトがあります。

「研究も一種のビジネスに他なりません。」に始まる段落は、TOF 粉末中性子回折の裏も表も知り尽くした傍観者でないと書けない文面です。そこで指摘したような問題(+磁気構造解析機能と充実した英文マニュアルの欠如)は、TOF 中性子回折でメシを食っている当事者の皆様に解決してもらうしかありません。人目を惹く手柄にはなりませんが、避けては通れない重要課題なので、精々がんばってください。

どさくさまぎれに講習会の宣伝まで突っ込むという AKG(アコギ)商法は顰蹙を買う恐れが多分にありました。しかし、前代未聞の超満員御礼を見事やってのけたのだから、絶妙な集客戦術だったと言ってよいでしょう。勝てば官軍です。

私を貧乏暇なしに追い込もうとする J-●●●● の魔の手からまんまと逃げおおせたのは、当該記事のおかげです。神棚に上げて日々拝み続けないと罰が当たります。

■ 2012 年 1 月 13 日(金) 多相リートベルト解析のノウハウ

RIETAN-FP による多相試料のリートベルト解析で四苦八苦しておられる方々が多いようなので、ブログに「多相リートベルト解析用入力ファイルの作成」という記事を投稿し、ブログ選集でリンクを張りました。参考になれば幸いです。

多相リートベルト解析用 *.ins の作成にてこずった経験のある方は、お手数でもそれを私にフィードバックしていただけると幸甚です。上記の記事に追加させていただきます。

■ 2012 年 1 月 24 日(火) Robertson & Bish (2010) の論文の後日談

昨年1月15日の掲示板で痛烈に批判した研究のどこがどうまずかったのかが判明したので、早速ブログに投稿しました。

なお、掲示板で伏せ字にした部分を埋めると、次のようになります:

私なら、痩せても枯れてもこんな論文は絶対投稿しません。私がこの論文のレフェリーだったなら、即却下です。IUCr 発行の雑誌の権威を落とすからです。
■ 2012 年 1 月 30 日(月) RIETAN-2000 → RIETAN-FP、改名の謎

本日、RIETAN-2000/FP に関する論文の被引用数が1,700に到達した記念として「RIETAN-2000と RIETAN-FP」と題する記事を JUGEM に投稿するとともに、ブログ選集でリンクを張りました。RIETAN-FP の開発秘話をあけすけに語っています。RIETAN-FP のユーザーはご一読あれ。はなはだ冗長なので、時間に余裕のあるときにどうぞ。

■ 2012 年 2 月 6 日(月) RIETAN-FP v2.1をついに公開!

RIETAN-FP v2.1とそれに対応したマニュアルを含む Windows・Mac OS X 用 RIETAN-FP・VENUS 配布ファイルを公開しました。← 当初は、この後に駄文が延々と続いていたのですが、本ホームページの美観(?)を損ねるため、ブログに移しました。単なるマイナーチェンジについての与太話をよくぞここまで膨らませたな、と自分でも呆れています。さすがにコイツはブログ選集に入れる気が起きませんでした。

■ 2012 年 2 月 8 日(水) RIETAN-FP v2.1の実行例を一つ追加

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している配付ファイル三つを早くも更新しました。異方的ミクロ歪み(anisotropic microstrain)によるプロファイルの拡がりを導入した Thompson, Cox, Hastings の擬フォークト関数の使用例として、トンネル構造酸化物 α-MnO2の粉末 X 線回折データのリートベルト解析 (Kijima et al., 2004) を追加しました。8年前に発表したネタの再解析結果です。

一昨日配付した Mac OS X 用 RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境では RIETAN-FP を実行すると、自動的に *.ins を *.bak にバックアップするようになっていましたが、*.bak を *.ins.bak に変更しました。Windows 用支援環境と統一するためです。このほか、マニュアル5つも少しずつ改訂されています。

■ 2012 年 2 月 10 日(金) Mac OS X 用 RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境利用上のノウハウ

Jedit X のマクロメニューの各項目に割り当てたキーボードショートカットが作動しないときの対症療法についてブログに投稿しました。Artman21がこの不具合を解決してくれるのを切望しています。

■ 2012 年 2 月 15 日(水) lst2cif の微修正

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している配付ファイル三つを更新しました。lst2cif が *.cif 中に余計な一行、すなわち '2-theta(min) =' を出力するという不具合を修正しました。これは lst2cif をバージョンアップしていたとき、一時的に出力していたデータでした。

さらに Readme.scpt 中にキーボードショートカットに関するトラブルの対症療法について追記しました。RIETAN-FP_manual.pdf にもほんの少しだけ手を入れました。

■ 2012 年 2 月 21 日(火) 情報機構セミナーに関する独り言

1月5日にもお知らせした通り、拙作ソフトを用いた粉末構造解析に関する情報機構セミナーを7月2日(月)に開催する予定ですが、それと関連して MEM 解析プログラムの世代交代(PRIMA → Dysnomia)の必要性について Twitter で三回つぶやきました。Twilog(2月21日)でお読み下さい。

■ 2012 年 2 月 22 日(水) RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルのアップデート

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルの Web ページで公開している配付ファイル三つを更新しました。主な改善点はブログに投稿しました。

■ 2012 年 3 月 5 日(月) VESTA に関する文献の被引用数の合計が700に達したという記事

「破竹の勢いとはまさにこのこと」は少々長くなったので、ブログに移しました。

■ 2012 年 3 月 7 日(水) ケチくさく閉鎖的なローカル指向を排す

「ムラ社会の掟」をブログに投稿し、ブログ選集でリンクを張りました。

■ 2012 年 3 月 12 日(月) VESTA 3と RIETAN-FP・VENUS システムのバージョンアップ

それぞれ「VESTA v3.08 のリリース」「RIETAN-FP・VENUS システムのバージョンアップ」というタイトルの投稿に再編成し、ブログに移しました。

■ 2012 年 3 月 14 日(水) 三つのマニュアルの更新

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルの Web ページで配付しているアーカイブファイル documents.zip をアップデートしました。*.prf の先頭で入力する5つのファイル名には絶対パスを付けてはならないと PRIMA_manual.pdf, MPF_multi_Win.pdf, MPF_multi_Mac.pdf 中に明記しました。いずれリリースする Dysnomia の新バージョンでは、これらのファイル名を入力しないよう改善する予定です。

■ 2012 年 3 月 15 日(木) VESTA 3のマイナーアップグレード

VESTA が v3.0.9にバージョンアップされ、そのマニュアルも更新されました。

■ 2012 年 3 月 21 日(水) RIETAN-FP のメンテナンス・リリース

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。詳しくはブログをご覧ください。

■ 2012 年 3 月 22 日(木) 「RIETAN-FP・VENUS システムによるリートベルト・MPF解析」セミナー

講演と講習のお知らせ

情報機構セミナー「RIETAN-FP・VENUSシステムによるリートベルト・MPF解析」
2012年7月2日(月)、東京・秋葉原

を掲示しました。本セミナーは昨年の3月末に開催する予定だったにもかかわらず、東日本大震災のもたらした災厄のために中止を余儀なくされたセミナーの埋め合わせです。RIETAN-FP に関する解説本(近日中に刊行)の執筆者の一人である伊藤孝憲氏の助けを借り、一日コースとして開催いたします。我々の講義で使う全スライドをきれいに製本したテキストを配付する他、ささやかなお土産も差し上げます。RIETAN-FP・VENUS システムを徹底活用したいと望んでおられる方々は、ぜひご参加ください。

なお大学の教員や学生以外の方々は私にメールで連絡していただけば、講師割引受講申込書を差し上げます。

■ 2012 年 3 月 23 日(金) 名古屋出張(2泊3日)、初日の仕事

遅ればせながら、講演と講習のお知らせにシンクロトロン光利用者研究会、第3回 X 線回折散乱グループ 利用者研究会(3月26日、中部シンクロトロン光利用施設)を掲示しました。講演のタイトルは「RIETAN-FP・VENUS システムの概要」に変更しました。無償公開している同システムが放射光粉末回折データの解析にいかに役立つかを説く予定です。

■ 2012 年 4 月 5 日(木) RIETAN-FP と lst2cif のアップグレード

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。RIETAN-FP は v2.13にバージョンアップされています。変更点についてはブログをお読みください。

■ 2012 年 4 月 9 日(月) VESTA のマイナーチェンジ

VESTA が v3.1.0にバージョンアップされました。RIETAN-FP のテンプレートファイルが最新版に対応したものに変わりました。

■ 2012 年 4 月 17 日(火) RIETAN-FP のマニュアルを増補

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているマニュアル類のアーカイブファイル documents.zip を更新しました。RIETAN-FP_manual.pdf を少々書き改めました。改訂内容についてはブログをお読みください。

■ 2012 年 4 月 19 日(水) RIETAN-FP のマニュアルをさらに改訂

一昨日に引き続き、RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルからダウンロードできるファイル documents.zip を更新しました。RIETAN-FP_manual.pdf を少しだけ修正し、238ページに増やしました。

なお、Windows 用 RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境の基盤として使用している秀丸エディタが v8.13にバージョンアップしました。同支援環境をお使いの方は最新版にアップデートするようお奨めします。

■ 2012 年 4 月 23 日(月) RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルのアップデート

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。

RIETAN-FP のマイナーチェンジ版 v2.14では、STRUCTURE TIDY による結晶データの標準化において、一部の分率座標の値が不正になることがまれにあるという不具合を解消しました。VESTA に同梱している STRUCTURE TIDY は次回のバージョンアップの際に入れ換えます。

さらに、RIETAN-FP_manual.pdf と Readme_macros.pdf が少しずつ修正されています。

■ 2012 年 5 月 9 日(水) 表紙も含め3ページに過ぎませんが…

日本結晶学会誌, Vol. 54, No.2のソフトウェア情報欄に VESTA 3に関する紹介記事が掲載されました。

なお、表紙のカラーイメージ(ベンゼンを取り込んだ sodium-Y-zeolite)は VESTA 3で作画しました。

日本結晶学会誌のために執筆したのはこれで12回目(2010年12月21日の掲示板参照) ですが、本記事にて打ち止めといたします。

RIETAN-FP を使ったにも関わらず RIETAN-2000に関する論文を引用する方が依然として多く、しかもボリューム(321-324)とページ(198-204)を取り違えている割合がなんと約1/4にも達していて、苦り切っています。VESTA の場合も、未だに前論文(Momma and Izumi, 2008)の方が圧倒的な頻度で引用されていますが、現時点では VESTA 2.X, 3.X のいずれを使用した場合でも

を引用していただく規定になっています。くれぐれもご注意ください。

■ 2012 年 5 月 11 日(金) documents.zip の更新

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで配付しているファイル documents.zip を更新しました。Bond valence parameter を収録した CIF、bvparm2009.cif を最新版の bvparm2011.cif と入れ換えました。何事にも鮮度を重んじる私が公開以来一年近く経ってから更新するとは、焼きが回ったとしか思えません。

さらに、Readme_win.pdf, Readme_macros.pdf, Readme_mac.pdf, Readme_scpt.pdf を少しずつ改訂しました。それでも完璧からは程遠いような気がするので、何かお気づきの点がありましたら、ぜひご一報ください。

■ 2012 年 5 月 15 日(火) RIETAN-FP v2.15をリリース

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。

多相試料の粉末 X 線回折データの解析における Brindley 法による microabsorption の補正で用いる球状粒子の吸収因子 τ の値(International Tables, Vol. III, pp. 194〜200)がかなり不正確だということがわかりました。そこで、井田 隆准教授(名工大)の作成された関数 A_sphere を呼び出す Igor Pro マクロ tau を作成して1,407個の τ を有効数字6桁で再計算し、RIETAN-FP v2.15に実装しました。[μ - μ(mean)]R の範囲を-1〜1に広げたため、'Too large negative value of [mu - mu(mean)]R' あるいは 'Too large value of [mu - mu(mean)]R' というエラーメッセージが出力される頻度は大幅に減るはずです。

RIETAN-FP のバージョンアップに伴い、RIETAN-FP_manual.pdf 中の microabsorption に関する記述も修正しました。

■ 2012 年 5 月 18 日(金) 再ダウンロードのお願い

5 月 15 日にアップロードした三つのアーカイブファイルの URL を間違っていました。大変申し訳ありませんが、もう一度ダウンロードし直すようお願いいたします。

三つの Web サイトを使い分けていると、時にはこういう恥ずかしいミスをやらかします(汗)。

■ 2012 年 5 月 21 日(月) 会場変更のお知らせ

第60回固体イオニクス研究会は参加登録者の数が事前の想定を大きく上回ったため、会場を NIMS(千現地区)第2会議室から広大な第1会議室に変更したとのことです。参加者名簿を眺めると、日本全国から参加者が集まっていることがわかります。関東中心のローカルな研究会でないことを知り、嬉しいです。明日から講演の準備にとりかかります。

■ 2012 年 6 月 4 日(月) 「福袋」のプレゼント

第60回固体イオニクス研究会が終了しました。同研究会としては過去最高レベルの数の参加者が集まったとのこと。NIMS での開催を支援でき、面目が立ちました。 次は

情報機構セミナー「RIETAN-FP・VENUSシステムによるリートベルト・MPF解析」
2012 年 7 月 2 日(月)、東京・秋葉原

の番です。188 m2もの広さの会場をどこまで埋められることやらと心配していたのですが、杞憂でした。席占有率は着々と50%に近づきつつあるそうです。

同セミナーでは、講義に使う全スライドをカラー印刷・製本したテキストを参加者に配付しますが、それだけではサービス不足の感が否めません。そこで、相棒の伊藤孝憲氏とも相談の上、数点のおみやげの詰め合わせも進呈し、ちょっと得したという気分を味わっていただくことにしました。

大学の教員や学生以外の方々は、私にメールで連絡していただけば、講師割引受講申込書を差し上げます。

■ 2012 年 6 月 8 日(金) RIETAN-FP の微修正

RIETAN-FP のバージョンアップに伴い、RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。

RIETAN-FP v2.16では、非対称単位内の原子数の最大値を400に増やしました。さらに、拡張分割擬フォークト関数(NPRFN = 2)使用時には、部分プロファイル緩和の対象とした反射の半値全幅 FWHM と分解能 Dd/d を反射リストに出力しないよう改めました。それらの反射ではローレンツ成分とガウス成分の半値全幅が互いに異なるためです。また、RIETAN-FP_manual.pdf 中の15.8.9に反射リストにおける各欄の説明を追記しました。

■ 2012 年 6 月 14 日(木) マニュアルなどのアップデート

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル documents.zip を更新しました。

RIETAN-FP_manual.pdf 中で Fig. 4.1が欠落していたのに気づき、それを挿入するとともに、異方性原子変位パラメーター βij を精密化する際の分率座標の入力に関する留意点を15.3.16に追記しました。言い訳になりますが、RIETAN-FP_manual.pdf(241ページ)は RIETAN-FP のソースコード同様に余りにも長大すぎて、隅から隅までは把握し切れません。さらに Space_groups.xls における空間群名の誤りを一つ修正しました。

■ 2012 年 6 月 23 日(土) URL 変更のお願い

MobileMe は今月末でサービス停止となります。それに先立ち、iDisk 中のファイル・フォルダをすべて撤去しました。旧「粉末回折情報館」http://homepage.mac.com/fujioizumi/ にリンクを張っておられる方々は本ホームページの URL(http://fujioizumi.verse.jp/)に変更するようお願いいたします。

■ 2012 年 6 月 25 日(月) 六合目を通過

本日、RIETAN-2000/FP に関する文献(Izumi & Ikeda, 2000; Izumi & Momma, 2007)の累積被引用数が 1,800 を越えました。1,700に到達したのが今年の1月30日ですから、5ヶ月弱で100も増えたことになります。

すでに国産結晶学ソフトウェアとして空前絶後の数字を叩き出してはいるものの、その程度で満足してはおりません。是が非でも目標の3,000を達成するべく、今後も機能の追加、メンテナンス、教育・啓蒙活動を続けていく所存です。

■ 2012 年 7 月 2 日(月) 

本日刊行された書籍「RIETAN-FP で学ぶリートベルト解析」に関する記事は補筆した後、ブログ(7月11日)に移しました。

新着情報からブログに移した記事はかなり多いということにご注意ください。「あれっ、あの記事がない」というときはブログを探索するといいです。

■ 2012 年 7 月 9 日(月) 実用的な表面粗さ補正因子を追加

RIETAN-FP のバージョンアップに伴い、RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。2月6日に RIETAN-FP v2.1をリリースして以来、7回目の RIETAN-FP のマイナーアップデート v2.17が含まれています。

v2.17では、Sidey (2004)の表面粗さ補正因子を追加しました。詳しくは、RIETAN-FP_manual.pdf 中の「多目的パターンフィッティング・システム RIETAN-FP の新機能について」の7節をお読みください。この補正因子は単一のパラメーター S しか含んでいないため、表面粗さパラメーター間の相関を気にする必要がなく、構造パラメーターと S との相関も弱いため、精密化の手続きが単純になります。平板試料を使って測定した粉末 X 線回折データの解析では、B が負となるサイトの出現はまれでありません。そういう場合は、Sidey の関数により表面粗さを補正してみるとよいでしょう。ただし、Sidey の論文を丁寧に読み、S が適切な範囲(0 ≦ S ≦0.15)に収まっているかどうかをチェックするべきです。

RIETAN-FP_manual.pdf は2ページ増え、244ページになりました。また RIETAN-FP 用入力ファイル *.ins のひな形ファイルをすべて更新しました。表面粗さを補正しないならば、以前のままでも大丈夫です。

■ 2012 年 7 月 10 日(火) 「Mac 用 TeX による英文・和文のタイプセット」の更新

「Mac 用 TeX による英文・和文のタイプセット」を最近リリースされたばかりの MacTeX-2012に対応させるべく、徹底的に書き直しました。Drag & Drop UpTeX はもはや不要となり、実にすっきりしました。mediabb.sty と BibTeX の互換性に関するトラブルの解消は大助かりです。

これで、あの鈍重なメタボソフト MS Word を使う機会はますます減るに違いありません。なお、上記文書を更新するや否や TeX Wiki で紹介していただきました。あまりの早業に驚かされました。

■ 2012 年 7 月 12 日(木) RIETAN-FP_manual.pdf の改訂

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル documents.zip を更新しました。RIETAN-FP_manual.pdf における表面粗さ補正因子関連の記述を訂正しました。

■ 2012 年 7 月 24 日(火) MPF 法に関する論文を参考文献に追加

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイル中の参考文献に ICC3における招待講演の論文(DOI: 10.1088/1757-899X/18/2/022001)を加えました。新 MEM 解析プログラム Dysnomia の文献に関する問い合わせを受け、当該論文がフリーアクセスだったことを思い出したためです。

■ 2012 年 7 月 25 日(水) documents.zip の更新

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル documents.zip を更新しました。今月初めにリリースされたばかりの MacTeX-2012の試用を兼ねて、5つのマニュアルを少しずつ修正しました。RIETAN-FP_manual.pdf は245ページに増えました。

■ 2012 年 7 月 30 日(月) 久々のバージョンアップ: VESTA 3

VESTA が v3.1.1にバージョンアップされました。細かな不具合を修正するとともに、配付ファイルに同梱している STRUCTURE TIDY のバグを修正し、bond valence sum を収録した CIF を bvparm2011.cif に更新しました。

■ 2012 年 8 月 1 日(水) lst2cif のバージョンアップ

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで配付している Windows_versions.zip と Intel_Mac_versions.dmg を更新しました。多相リートベルト解析の標準出力 *.lst から lst2cif により CIF を作成する 際、異常終了するというバグを取り去りました。

今回の改訂の過程で、OS X 用統合開発環境 Xcode の最新版 v4.4をインストールした Mac 上で、シェルスクリプトにより32/64ビット兼用アプリケーションをビルドするためのノウハウを会得しました。Xcode 4.4では、Snow Leopard 以前の OS X 互換ソフトが開発しにくくなっています。そのような困難を克服するための裏技をマスターしたのは、大きな収穫でした。

■ 2012 年 8 月 8 日(水) Mountain Lion におけるセキュリティチェックの回避

「Mountain Lion をインストールした Mac に RIETAN-FP・VENUS システムをインストールする方法」という記事を本日のブログに投稿しました。先走ったことをすると面倒なことになるという例の一つです。

■ 2012 年 8 月 10 日(金) MPF_multi のアップデート

日本語の注釈を含む *.ins(EUC-JP コード)を対象として自動 MPF 解析スクリプト MPF_multi.bat(Windows)と MPF_multi.command(OS X)を実行すると、*.ins がサブフォルダに正常な形でコピーされないという不具合が見つかりました。MPF_multi.* は一連の MEM 解析とパターンフィッティングの司令塔なので、早急に解決しなければなりません。

詳しく調査した結果、Windows・OS X 用ストリームエディタ sed による *.ins の変換で障害が発生していることがわかったため、両スクリプトを改善しました。Windows 版では、GnuWin の sed でなく正規表現エンジン鬼車を実装した onigsed で *.ins を処理するよう改めました。OS X 版では、grep の後ろに置かれた文字列中の“!”をバックスラッシュでエスケープしました。

上記の改訂に伴い、RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開しているアーカイブファイル三つを更新しました。

■ 2012 年 8 月 20 日(月) 自動 MPF 解析用スクリプトを再び改訂

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している三つのアーカイブファイルを更新しました。

これまで Windows 用の自動 MPF 解析スクリプトとしてはバッチファイル MPF_multi.bat を提供してきましたが、時代遅れなコマンドプロンプトとは比較にならないほど強力なシェル bash.exe のウィンドウ上で bash スクリプト MPF_multi.command を実行するよう改善しました。bash.exe のバージョンが1.14.2と相当古いのが残念ですが、それでもコマンドプロンプトとは比較にならないほど強力です。MPF_multi.bat では、苦し紛れにコードの一部をサブルーチンとして分離していたのですが、そういう姑息なテクニックを弄する必要はなくなりました。OS X 用 bash スクリプトの Windows への移植については、8月15日のブログに詳述しておきました。

さらに OS X用の MPF_multi.command 中では、マルチバイトコードを EUC-JP に設定しました。

上記のアップデートに伴い、documents フォルダ中の4つのマニュアルも改訂しました。

■ 2012 年 8 月 24 日(金) Gow をフル活用した Windows 用自動 MPF 解析用スクリプト

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している三つのアーカイブファイルを更新しました。

軽量級 UNIX 互換コマンド集 Gow の利用を前提として Windows 用自動 MPF 解析スクリプト MPF_multi.command を改訂しました。Gow 中の bash は v2.03で、win-bash の v1.14.2より新しいです。もちろん MPF_multi.command を使わない場合、Gow をインストールする必要はありません。Gow の cp.exe はフォルダ名(行き先)の最後の文字が "/" だと正常に動かないというバグを抱えており、そこで大分手間取ってしまいました。なお Gow の詳細については、このマイナビニュースをご覧ください。

これまでと同様に、MPF_multi.command は PRIMA と Dysnomia の両方に対応しています。詳しくは MPF_multi_Win.pdf をお読みください。

RIETAN_VENUS フォルダからは tee.exe と onigsed.exe を除く UNIX 互換コマンド、MPF_multi.bat 内で実行していた収束判定用プログラム converge.exe を削除しました。その結果、Windows_versions.zip は多少スリムになりました。tee.exe を残したのは、Gow をインストールしない(MPF_multi.command には手を出さない)場合でも RIETAN-FP を実行できるよう配慮したためです。Gow に含まれていない onigsed は撤去する訳にいきませんでした。

この他、Windows 用 RIETAN-FP・VENUS システムのインストーラとアンインストーラを改訂するとともに、6つのマニュアルを微修正しました。

■ 2012 年 8 月 25 日(土) RIETAN-FP.bat の差し替え

昨日アップロードした Windows_versions.zip 中の RIETAN-FP.bat に不具合があり、Gow をインストールしていない場合、RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境内で RIETAN-FP を実行したとたんに異常終了することがわかりました。8月25日の16:45以前に Windows_versions.zip を入手された方は、申し訳ありませんが、再ダウンロードするようお願いします。

■ 2012 年 8 月 27 日(月) 秀丸エディタのバージョンアップ

Windows 用 RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境の土台となっている秀丸エディタが v8.20にバージョンアップしました。

それにしても、一度購入しさえすれば二度と税金(バージョンアップ料金)を徴収せず、学生が学内の PC で使う場合は無料というサイトー企画の太っ腹ぶりは見上げたものです。首尾一貫して無料で、パスワードも不要な RIETAN-FP・VENUS システムほどではありませんが。

■ 2012 年 8 月 31 日(金) 今月6回目の配付ファイル更新

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している三つのアーカイブファイルを更新しました。

今回のマイナーアップデートの概要は次の通り。

  1. Windows 用インストーラにおいてファイル・フォルダを FastCopy でなくコマンドプロンプトに標準で備わっている XCOPY でコピーするよう改めた。
  2. Windows 用自動 MPF 解析シェルスクリプト MPF_multi.command が Windows XP 上でも実行できるよう改善した。
  3. Windows 用 MPF_multi.command の処理対象となるファイルの絶対パス名にスペースが含まれていても、正常に動くようにした。
  4. OS X 用のすべてのプログラムの処理対象となるファイルの絶対パス名にスペースが含まれていても、正常に動くようにした。
  5. OS X 用シェルスクリプト *.command のアイコンを統一した。
  6. 7つのマニュアル *.pdf を改訂した。

摩訶不思議なことに、XCOPY の採用はインストールをぐっと加速しました。これまで長く FileCopy を使ってきたのは無意味だったということです。

OS X 用シェルスクリプト *.command において複数の引数を一つにまとめて dir_file という変数(絶対パス名)に代入するのには、かなり苦戦しました。興味のある方は commands_common フォルダ中の rietan.command をエディターで開き、4〜13行を鑑賞してみてください。

■ 2012 年 9 月 1 日(土) ブログのデザインを一新

ブログ「お知らせ+活動記録+たわごと」のデザインを plain3 から PerlWhite に変更しました。記事部分の横幅が広がると同時にフォントサイズが大きくなり、前よりも読みやすくなりました(老人向け?)。今後、飽きが来ないように時々デザインを変えたいです。ついでに「Windows 用 bash を使用するためのノウハウ」をメモ代わりに投稿しました。

OS X 用 RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境の土台となっている Jedit X が v2.34にバージョンアップしました。

■ 2012 年 9 月 4 日(火) Windows 用 MPF_multi.command のマイナーチェンジ

Windows 用 MPF_multi.command を使うには Gow をインストールする必要がありますが、インストール先のフォルダが Windows のバージョンに依存するため、セットアップの手続きに違いが出ていました。ときには bash.exe への MPF_multi.command の関連付けが必要となるケースまであります。こういう七面倒くさい作業をユーザーに押しつけるのはまずいと判断し、OS のバージョンと無関係にインストール先を C:¥Program Files¥Gow に統一することにしました。Gow は32ビットアプリケーションですが、たとえ OS が64ビット Windows であっても実害はありません。

今回の改良に伴い、RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している documents.zip と Windows_version.zip をアップロードしました。8月に入ってからなんと6回目の更新です。MPF_multi.command はそれほど自分にとって大切なユーティリティーだということを物語っています。

■ 2012 年 9 月 13 日(木) Windows 用 MPF_multi.command のマイナーチェンジ、Part II

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している三つのアーカイブファイルを更新しました。

9月11日に Gow 0.6.1がリリースされたばかりですが、bash.exe が欠けている上、MPF_multi.command 中で使用している UNIX 系コマンドと DLL はすべて GnuWin で配付されているファイルと同一でした。そこで bash.exe は Win-bash から、UNIX 互換コマンドは GnuWin から調達し、MPF_multi.command とともに C:¥Program Files¥RIETAN_VENUS¥Commands に置くよう変更しました。すなわち、MPF_multi.command は Batch_files フォルダから Commands フォルダに移動しました。

bash.exe が Gow に 追加され次第、その安定性を検証するつもりです。なお、Windows 用 MPF_multi.command で使用する UNIX 系コマンドについての最新情報については9月8日のブログに投稿しました。

Gow をインストール済みの方は必ずアンインストールするようお願いします。さもないと、新バージョンの MPF_multi.command が Gow のコマンドを優先的に使ってしまいます。

このほか documents.zip と Windows_versions.zip 中のファイルもわずかながら変更されています。

■ 2012 年 9 月 26 日(水) VESTA の快進撃: 総被引用数1,000まであと100を残すのみ

RIETAN-2000/FP と VESTA に関する文献の被引用数が100増えるたびに新着情報やブログで通知するのが恒例となっています。本日、VESTA の文献の被引用数の合計が 900 に達したので、「衰えを知らぬ VESTA の人気」という記事をブログに投稿しました。また雰囲気を変えるために、ブログのデザインを変えてみました。

■ 2012 年 10 月 4 日(木) マニュアルの更新

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している documents.zip を更新しました。7つのマニュアルが少しずつ修正されています。LaTeX のスキル向上に伴い、徹底的にタイプセット時の警告を減らすとともに、誤りを正しました。

■ 2012 年 10 月 6 日(土) Wi-Fi 化の進捗状況

本 Web サイトの運営・管理に使用している iMac, 二台の MacBook Pro, iPad, キヤノン製コンデジの Wi-Fi ネットワーク化を NIMS と自宅で鋭意構築中です。現時点における到達点についてブログに投稿しました。

■ 2012 年 10 月 12 日(金) RIETAN-FP と MPF_multi.command の改訂

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している三つのアーカイブファイルを更新しました。

RIETAN-FP を v2.18にバージョンアップしました。といっても、RIETAN-FP に内包されている Structure Tidy において非対称単位中の最大原子数が300になっていたのを400に増やしただけです。さらに自動 MPF 解析スクリプト MPF_multi.command のコードを整形手術しました。単なる自己満足に過ぎません。

RIETAN-FP_manual.pdf も微修正されています。

なお本日、Windows 用 VESTA からの粉末回折パターンのシミュレーションがうまく行かないという報告を Twitter のフォロワーから受けました。最新版の Windows 用 RIETAN-FP において UNIX 互換コマンド tee.exe と二つのDLL(libiconv2.dll, libintl3.dll)が C:¥Program Files¥RIETAN_VENUS フォルダから C:¥Program Files¥RIETAN_VENUS¥Commands フォルダに移ったのが原因です。当面は、これら三つのファイルを一つ上の階層、すなわち C:¥Program Files¥RIETAN_VENUSフォルダにコピーするという対症療法で切り抜けていただくしかありません。お手数をおかけしますが、よろしくお願いいたします。

■ 2012 年 10 月 22 日(月) RIETAN-FP_manual.pdf の改訂

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している documents.zip を更新しました。週末にリリース直後の TeXstudio v2.5で遊んでいるうちに、本文中の数カ所に全角文字が紛れ込んでいたことに気づき、秀丸エディタの正規表現による検索機能を活用してすべて削除しました。さらに多少の説明を追加した結果、247ページに増えました。

TeXstudio による *.tex のチェックについてはブログに投稿しました。日本語文書の組版では、まず使い物にならないでしょう。

■ 2012 年 10 月 26 日(金) RIETAN-FP_manual.pdf を引き続き改訂

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している documents.zip を更新しました。2ページ強の表を挿入することにより RIETAN-FP_manual.pdf を250ページに増やしました。

ここまで分厚くなると、実に壮観です。iPad 用 GoodReader で速めにページをめくっていくと、GoodReader が悲鳴を上げ、立ち往生してしまいます(笑)。

■ 2012 年 11 月 1 日(木) RIETAN-FP_manual.pdf にヘッダーを追加

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している documents.zip を更新しました。RIETAN-FP_manual.pdf にヘッダーを追加するとともに、微修正しました。

■ 2012 年 11 月 2 日(金) RIETAN-FP v2.2のリリース

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している二つのアーカイブファイル Windows_versions.zip と Intel_Mac_versions.dmg を更新しました。

RIETAN-FP を v2.2にバージョンアップしました。結晶・磁気構造因子と構造パラメータに関する結晶構造因子の偏微分係数を計算する核心部分に手を入れたことになります。

第一に、対称操作の上に乗った特殊位置における同価位置同士の重なっているか否かの指標を逐一調べていたのを、計算に必要不可欠な等価位置の番号と個数をあらかじめ整数配列に記憶しておくよう改良しました。サイト数や非対称単位内の原子数が多いと、ループ処理と条件分岐に相当な時間を費やすため、かなりのスピードアップにつながります。二つ目の改善点は、整数と実数の混合演算を実数同士の計算に変更したことです。具体的には、回転行列の転置行列 RT と回折指数ベクトル h の積を事前に実数配列に保存するようにしました。精密化が長引くにつれて、整数→実数変換に費やす時間も増していくためです。

解析対象のデータに依存しますが、CPU タイムが数パーセント程度減ることを確認しました。v2.2というよりは v2.5という相応しいパフォーマンスの向上です。

■ 2012 年 11 月 7 日(水) RIETAN-FP_manual.pdf の微修正

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している documents.zip を更新しました。最近購入した iPad(第三世代)で RIETAN-FP_manual.pdf をざっとチェックし、数カ所の誤りを正しました。分解能が高く、目に優しい Retina ディスプレイの威力を実感しました。

■ 2012 年 12 月 14 日(金) VESTA に関する文献の総被引用数が1,000超え

長らくご無沙汰しておりました。毎度おなじみ、手垢まみれの被引用数ネタです。本日、VESTA の文献三つの被引用数の合計が 1,000 を超えたのに気づき、急遽「普及に弾みが付いた VESTA: 1,000 を超えた総被引用数」という記事をブログに投稿しました。

以前のブログ中の文言を引用しながら書き散らしているうちに、内容がタイトルから逸脱していき、自慢、自虐、本音、毒舌の4拍子がそろったアクの強い投稿に成り果ててしまいました。怪気炎から発する毒気に当てられないよう、十分ご注意ください。

しかもこの記事、途中で放り投げたくなるほど冗長 ー まだまだ文章修行が足りません。

■ 2012 年 12 月 21 日(金) 4つの配布ファイルの更新 & 放射光施設での講演

RIETAN-FP・VENUS システム配布ファイルで公開している三つのアーカイブファイルを更新しました。asfdc と asfdc.dat 中の炭素(C, C.v)の X 線分散実数項 f'(Cu Kα 特性 X 線)がわずかに大きかったのを修正しました。 兼務している名工大の学生からの指摘です(深謝)。最重要な元素・ X 線の組み合わせなので、RIETAN-FP のバージョンアップを待たずに配付ファイルをアップロードしました。

岡山理科大の坂根弦太准教授による教育用分子軌道計算システム eduDV の補強に対応するため、DV-Xα 法計算支援環境の配付ファイルを更新しました。5つの秀丸マクロの追加により、エタン型分子が扱えるようになりました。DV-Xα 法に関するブログに関連記事が投稿されています。

講演と講習のお知らせにシンクロトロン光利用者研究会、第2回 X 線回折散乱グループ利用者研究会(2013年1月30日、中部シンクロトロン光利用施設)を掲示しました。私の講演のタイトルは「最大エントロピー法による結晶構造の精密化」です。

■ 2012 年 12 月 25 日(火) An Xmas present from us

「Dysnomia 正式版の公開」をブログに投稿しました。舌鋒の鋭さと名調子が良い案配にミックスし、至芸の境地に達した感があります。

■ 2012 年 12 月 28 日(火) VESTA のバージョンアップ

VESTA v3.1.2が公開されました。RIETAN-FP 関連の改善点としては、lst2cif の出力した多相の結晶データを含む CIF を入力する際、読み込むデータを指定できるようになったことが挙げられます。成熟度と安定感がますます高まっているはずです。マニュアルは以前のままに留まっていますが、いずれ改訂します。

一日につき一回超は論文(Momma & Izumi, 2008; Momma & Izumi, 2011)が引用される勢いが続いており、横綱相撲の風格が漂ってきました。